У меня стоит программа: SEO SpyGlass
Её покупал её еще давно. Сейчас глянул, там есть бесплатная версия. Она отлично подходит для поиска обратных ссылок и оценки их качества, возможность сравнения разных сайтов. Мы в основном её использовали для продвижения на "запад". Поэтому для Яндекса, не могу сказать.
Возможности перечислять не буду, там практически есть все.
Возможности бесплатной версии ограничены. Невозможно сохранять проекты, и обратных ссылок до 1000 вроде. Но для беглого анализа, подойдет. Сейчас очень много сервисов в сети для этих целей. Очень удобно ими пользоваться.
Сайт программы:
http://www.seopowersuite.ru/seo-spyglass/
